礼部尚书余有丁，其下有三个侍郎：王家屏管理负责教育的大明太学府、许国管理负责祭祀这一类会议筹备工作的祠膳司，洪有复管理负责外交和民族问题的主客司。本来归礼部收取的僧侣渡碟银（可能朱元璋当过和尚的原故，知道当和尚的收入不错，所以明朝对僧侣有着较为严格的控制，每个僧侣每年都要上缴一厘的渡碟银，还有每年都有新增僧侣数量的指标，买一个指标得二两银，这就是渡碟银，一年大概有两三万两的收入）、香税银（按着香客人数大约估计每个寺亩的一年的香金，再按两成收税，称为香税，一年也有两三万两）、花捐银（从妓女身上收得的税银，称为花捐，每年大约有一万两，而每三年一次的科举所需也差不多要三万两，所以花捐大都做为筹备科举用度，这就是“当官的都是婊子养的”的由来）这三样收入都划归户部税赋司，而其下负责铜钱、金银铸造和印制纸钞的铸印局也被划入户部度支司。礼部将专门成为一个管理教育、外交和典礼筹备的部门，此次共有三十余人被查处。

    兵部尚书梁梦龙，兵部下设四个直属部门，分别是兵部、军学院、驾部、库部，各设一侍郎管理：

    汪道昆管理兵部，兵部下设三司，分别是负责军籍管理和征兵的兵司，负责将领升摆任免和勋封的勋司，负责军费预算的军饷处，三司各设郎中一人，员外郎二人，主事不等。

    原大理寺卿宋应昌管理负责军事教育的军学院，军学院下设三个分支学院，分别是大明步军学院、大明水师水院、大明军工学院，另外还在各地兵源较为集中的地方建立小校场，小校场主要负责初级军事教育和为军学院提供生员的作用。

    原浙江副使叶梦熊管理负责地图测绘、军事工程建设、后勤保障的驾部。驾部下设三个部门：一是负责地图测绘、地理探索和带有部份情报功能的绘图局；二是管理军事工程建设和屯田的建工局，建工局暂时组建两支工军，名为左右军。将来将设立五支，东南西北中五部，中部工军将做为专业的屯兵，以适应将来移民工程的需要，其数大概在80到100万间，其余四部将负责各自方向的军事工程建设；三是负责后勤保障的后勤处。

    明代有名的兵器专家赵士祯管理负责兵器生产、舟车制造及研发的库部。库部下设三个局，分别是负责兵器制造的军械局，负责舰船与驾车制造的制造局，负责军工研发的军工局。现在划归其管辖的厂矿企业有：南京龙江船场、淞江淮南清江船场、苏州府船场、福州五虎门船场，山东北清河船场、北京兵部铸造场、北京兵部火药厂等。

    另外，类似于宪兵机构的军法司则直接由尚书梁梦龙直管。兵部此次共被查处二十余人。

    而另一个军事部门五军府本身的权力并不是很大，再加上为了稳定军队的考虑，暂时还没有去碰，但以京军整顿为缺口，还是办了十余人。以后五军府将会做为一个内务部队的指挥机关，只负责城市安全、抢险救灾等，除去常备兵员外，还负有管理预备役的工作。

    将来兵部将不再具有军事指挥代理（代皇上发布命令）权，而是交与新设的类似于总参谋部的军机处，把皇极殿右侧的武英殿设成军事议事厅，与左侧文华殿内阁议事厅左右呼应，一文一武，明示万历要行文武并重的决心。现在的军机处只有原总督大同、宣府、山西军务的方逢时、原总督甘陕军务的魏学曾、原顺天府尹、总督蓟辽军务的张国彦三人。另外兵部尚书梁梦龙、京军正副督师戚继光、张佳胤，还有各方军队要员像李成梁等人都一并在军机处挂名，名为军机大将。将来军机处将下设四局，分别是负责战事参谋的武议局、负责安排日常训练大纲和落实训练内容的操练局、负责军法修编和对兵部军法司形成监督的军法局，以及军事情报局。

    除了六部的改制，其余各部门也都做了改变：

    管礼乐的太常寺的名称依然保留，但当中为祭祀典礼奏乐和选择吉日时辰的几个官署御门被并入礼部的祠膳司，只留下太乐署与乐习署，负责管理戏曲等文艺活动和培养这方面的人才。太常寺卿由万历的叔叔，在音律上留有盛名的朱载堉当任，同时，这样的安排除了按才任用外，也是为了有利于撤消宗人府。而少卿则由明朝有名的戏曲家屠隆领着。

    掌管朝廷祭享、筵席及宫中膳羞的光禄寺与掌管朝会、筵席、祭祀赞相礼仪的鸿胪寺被撤消，人员被分成了两部份，一部归入祠膳司，一部归入内务府。内务府是在这次皇宫清撤后新成立的，分成两个司，一是内监，一是内务。内监司负责后宫杂务，下设御书房（实际上是独立于内务府之外，为皇帝私人秘书处，暂由王德领着）、御膳房（将糕点房等做饭的地方合并而成）、内库房（有甲乙丙丁四库，分别是负责存放食物的甲字库、负责存放衣料的乙字库、负责存放日常用品，包括桐油、蜡烛、纸笔等的丙字库、负责存放钱银财宝的丁字库）、花草房（负责皇宫建筑修膳维护，一部份的工作交由工部负责）、内侍房（负责后宫妃嫔起居和打扫卫生等杂务）、銮驾房（负责皇宫车马调度）。内务司则是负责外廷杂务，包括茶水房（为内阁和军机处官员端茶递水、打扫卫生、维护摆设等）、文书房（类似于中央秘书处，负责会议记录及公布等文书工作）、朝记处（新设，负责朝制礼仪、考勤登记等）、红书房（包括红本库和实录库，两个库都是保管档案的机构，红本库是保管谕诏政令等，实录库是保管会议记要、坻报等），而从光禄寺与鸿胪寺调拨过来的人员大都进入文书房和红书房。