万历十年十一月二十九日，北京紫禁城文华殿。

    自从冯保造反之后，万历又对上朝做了改变，分成阁议与朝议。阁议定在每日辰时，由九名内阁成员参与议事，督察院旁听，其余相关人等亦可奉召旁听。主要议处各部前一日的政务，并对此前议定之事的落实情况由督察院作出置询。朝议则改成每十天一期，也是辰时开始，六部九卿的正职及左右副职都要参与，对十天来阁议内容做一个总结，由参与人员做出置询。另外在文华门边原内銮驾库值房处新设了一个朝记处，京城官员包括各地来京述职的地方官员都可直接到这里登记，并将自己要呈的本章交与朝记处当面密封后呈到上书房，再由万历阅后做出决定是让其参加朝议，还是私下接见他，或者置之不理。这般做只是为了给下官监察上官的一个机会而已。

    同时，还有一种不成制的被官员称为房议的方式，就是由万历单独在上书房召见相关人等发号施令。

    在这一段时间里，京里的官员一个个都很忙，万历所设想的事情正一件件的得以实现。

    最忙的是海瑞，他的行动可以用风暴来形容。南北二都聚在一起的御史共有二百二十人，被他问罪的就有七十多个，还有十几个自动请辞，这个比例在京里各部当中是最高的，其它各部寺衙门加起来也有尽四百人被他所参奏，他的这一成果得益于万历有意让王德透露给他的情报，和刑部、吏部及通政院的配合。随着接下来在各道督察使司的设立，这股清理风潮将会吹向京外。但督察院现在自身也存在不足，最重要的是人才的缺泛。王用汲已经被从京军衙门调了回来，还有陆树德、耿定向、沈鲤、陈于陛等人也都到了督察院，督察院现在的总人数有近三百人，队伍比原先要壮大了许多，但人员的缺口与我所设想的将督察院的分支机构配属到县一级的目标还有相当的差距。

    海瑞此番可说是意气风发，历史上督察院在这么短的时间内参倒这般多的人，可以说是绝无仅有的。他正想大展拳脚，向着地方进军时，万历有意让他稍停了一下，在没有找到足够可用的人之前，万历不得不让一些腐败官员继续留任，甚至连派往各地的太监暂时也没有随着这股风而被召回来，这一点司礼监张宏用“稳”字决的处理方式让万历非常满意，往后这宫里的事还是要交给他的。海瑞虽然心里有些不愿，但好在有王用汲等人从旁劝说，王德这边又不再为他提供情报支持，他也就成了巧妇难为无米之炊中的巧妇，这才暂时鸣金收兵，转而加紧督察院内部的建设。在万历规定的各部都必须立下明确的规章条则约束官吏一事上，督察院是第一个交来了他们的条则。随着各部条则的修定完毕，将会以此为基将〈大明律〉中吏篇调出，专门修订一部〈官吏法〉颁布实行。

    另外，这一场风暴将一大批贪官扫除出去的同时，也为万历带来了四千多万两白银和相当数目的田产，这是万历当初敢于推动京军整顿与土地改革的原因。单从冯保府中就抄没家产计银四百余万两、田产七百余顷，比史书所记要多了近一倍，这让万历想起了金庸笔下的韦小宝来，他的第一桶金可就是抄家抄来的，现在看来早在他之前就已经有了原型人物的存在了。

    各部也都作了初步的整改，整改主要是在人事变动方面：

    吏部依然由王国光任尚书，而王篆则升为左侍郎，原吏部郎中王世贞升右侍郎，现在各部左右副职都不再有级别上下之分，只是所担职责的不同而已，如吏部原本设有文选、封赏，稽勋、考成四司，两个侍郎则是各分管两个司，再归于尚书统筹。原先的几个郎中、主事，像姚文尉，于永清等共三十余人被查处，而李世达、陆光祖、杨时乔等一批正直清廉的人进入吏部任职。

    户部尚书还是张学颜当任，将户部、度支、金部、仓部四个下属部门，改为七个，分别是管理人口和安排移民的户司、管理土地的国土司、管理财政（包括支出官员俸饷和各部用度以及银行等金融系统）的度支司、管理税收和工商登记的税赋司、管理国营商业企业及矿产资源的矿司、管理粮食等国家资源储备的仓司、负责审计开支情况的计司。户部不再分左右侍郎，而统称为侍郎，共有四位侍郎，分别是管理人口与土地的田倌、管理财政税收的庞尚鹏、管理矿厂司和仓司的孟一脉、管理筹计司的唐伯元。各司再设郎中、员外郎各一名，按不同科再设主事数人。原来两名侍郎王开、蒋中臣以及南京户部侍郎沈一贯，以下者共计六十余人被查处，仅次于督察院。

    刑部尚书严清擢留任，徐学漠留任左侍郎，原右侍郎吕坤调往大明太学府，由赵用贤接任。刑部原来下设的刑部、都官、比部、司门四司，改为三司，将管律令的刑部归入大理寺的修律司，负责司法审判的都官改为法司、管理天下捕快的比部改为督捕司，负责牢禁之政的司门名称继续延用。原江西道按察使王天性任法司郎中，原神机营统领赵定山调任督捕司任捕总，负责皇宫安全的锦衣卫改由御前侍卫统领管制，原锦衣卫都指挥使，张居正的弟弟张居易调任司门总监。刑部共被查处者有三十余人。

    工部原左右侍郎张鼎思、钱普以下者共四十余人被查处，现在的尚书依然是曾省吾，左右侍郎则是周汝登、饶坤。工部、屯田、虞部、水部四司依然保留，但职责稍有变化。工部负责城市、工矿企业，如城市规划、政府建设工程、铁厂、船厂等的建设、；屯田除了负责屯田和农业水利工程外，还要负责环境治理，如植树等绿化工程；虞部依然负责工匠管理，以后看情况再设一个总工会类似的机构；水部则负责防灾救灾工程、交通工程等的建设。另外再增设了一个工研司，负责科学研究。