内部斗争
前面说到，随着抗战的爆发，何应钦在国军内部的“统治力”也逐渐下降，更多的时候，他被推到了幕后的管理层。而“一线大员”的身份离他也是越来越远，这和蒋公的另一新宠陈诚的迅速崛起是有着非常大的关系的。
关于陈诚的事迹，我在下一章会重点介绍。这里呢，就先交代一下何应钦和陈诚的内部矛盾。
何应钦自从在蒋公第一次下野时没有表态支持后，被蒋公“牢记在心”，再加上后来的“西安事变”，何应钦竟然有取自己而代之的想法，这让善于权谋的蒋公如鲠在喉，于是乎，他用上了一招从古至今各代皇帝大王领袖当家经常用的手段，分权制之。
所谓分权制之，就是说最高统治者把最得宠的大员手中的权力分散出去，一般而言，这一招都会造成另一个（或是多个）要员迅速崛起，达到某种政治上的平衡。最著名的例子，《康熙王朝》中的索额图和明珠。
蒋公深谙政治权谋，知道何应钦在黄埔系内部势力庞大，要想制衡他，只能培养一个势力和他不相上下的要员出来，让他们互斗，自己则在背后掌管大局。
古往今来，这一套不知道被多少帝王用烂了，但还别说，确实挺管用的。就在何应钦平步青云之际，一个不起眼的黄埔学生也在早期革命战争中迅速崛起，这个人就是陈诚。
前面的章节也有提到，在棉湖大战的时候，陈诚三炮定乾坤，扭转了战局，这让蒋公牢牢记住了这个身材矮小的学生。从那以后，陈诚一发不可收拾，在蒋公的大力扶持下，青云直上，竟做到了一方大员的位置，并且还渐渐培养起了一个属于自己的嫡系势力——土木工程系。
何应钦和陈诚，这两个黄埔内部最大的派系，从成势后，就一直明争暗斗，在一定程度上，这种内讧的现象成为了国军内部派系林立复杂斗争的缩影，也是国军最终失败的最大原因之一。
何应钦派系中，主要以哼哈二将刘峙、顾祝同为主，再加上汤恩伯，邱清泉，杜聿明，关麟征等人，实力很大，在早期的国军中，一枝独秀，外人难望其项背。而陈诚崛起后，培养出来的嫡系土木工程系也日渐壮大，有罗卓英，胡琏，黄维，周至柔，薛岳等干将追随，到了抗战末期，基本上已完全盖过了何应钦系的风头，成为了黄埔系中当之无愧的顶梁柱。
这两个派系泾渭分明，谁都不买谁的帐。尤其是在战斗中，往往做出一些“亲者痛仇者快”的事情。双方矛盾很多，而何应钦和陈诚的关系更是水火不容。
有多个例子可以展现二人的关系：何应钦早年是很反对陈诚崛起的，在北伐战争中，陈诚有过好几次要提师长，皆被何应钦以资历不足等理由否决，陈诚怀恨在心。在后来的在一次战斗中，陈诚下边的一个叫刘天译的团长作战不力，要被陈诚枪毙。刘天译是何应钦的死党刘峙的侄儿，为此刘峙特意找到何应钦处求情，但陈诚最后仍是没给这个面子，处死了刘天译。
还有就是名将关麟征不满被陈诚排挤出十一师，后转投到何应钦麾下，处处与陈诚作对，也让陈诚头疼不已。
说到底，二人的相争根源还是在蒋公的特意炮制，蒋公最希望看到的就是这种平衡局面，谁都独大不了，重要的事还得由自己来裁断。后来的结果也证明了，他这招权谋之术收到了他自己想要得到的效果。黄埔系中再怎么内讧，也只有他这个校长能够完全控制住。
但何应钦却是深受这招权谋之术的影响，自从陈诚崛起后，他在国军中的地位虽然居高不下，但实权却已是慢慢被分化了。包括后来的一线部队的总指挥权力，军政部长的职务，参谋总长的职务等等高职权位，皆被陈诚一一取代，而他也慢慢的日落江山，不复当年东征、北伐中一人独耀的风采。
当然，从一定程度来讲，这和他自己的性格也有很大关系。当他意识到蒋公猜忌自己的时候，果断地选择低调行事，不再明目张胆的拉帮结派，但凡是蒋公的意思，他只管照做，尽量让自己不犯错误。而陈诚却是不同，他和蒋公有着姻亲关系，算是一家人，得势后更是一发不可收拾，大肆扩军，在军中遍布门生亲信，有了一冲“一人之下万人之上”的资本。两种不同的行事风格，也最终导致了不同的结局。
到了1944年冬天，何应钦卸任担任了14年的军政部长一职。何应钦在这个职位上做了十多年之久，对于军需工作应该是有一套的，否则那“何婆婆”的名声不会流传这么广，但他为什么卸任呢？有一种说法是他受到了蒋公的猜忌，愤而辞职的。
事实上，这种说法是比较片面的。真正的主因是因为那时候的军队腐败风气严重，贿赂之风甚是风靡，何应钦虽然在军政部长的位置上坐了多年，也有过一些政绩，但同时也积累了很多弊端。在征兵上，调派物资上，军需供给上都存在着很严重的问题。这些问题看似小事，但多年积累下来，就变成了顽疾，大事。
如征兵处的官兵公然鞭打新征的壮丁，军需供给只给自己的嫡系顾祝同和刘峙的部队，对于别的派系，能拖就拖，尤其是陈诚派系的部队，基本上都要拖上个几个月。还有就是人事任命也都是亲自己，疏他人。
这些问题恰好又被蒋公发现并扩大化，还当着他的面杀了几个他提拔起来的将官。在裁军问题上，何的再三反对也使得蒋公让陈诚取代何的想法最终成型，这让何应钦感觉到蒋对自己的严重不信任，后来心生去意也就在所难免了。
到了1944年年底，何应钦正式被“免”去了军政部长的职务，改任中国战区陆军总司令。